La «R» reste la seule Ducati de route à utiliser des doubles injecteurs pour chaque cylindre. La première centrale d'injection respire au travers de 4 buses tandis que la seconde est nourrit par un flux emmanant de 12 buses, en assurant une livraison progressive et fluide de puissance à tous les régimes. Avec cette configuration, le système a la capacité de fournir une alimentation en carburant plus importante lors d'une utilisation en compétition.